Las líneas de profundización corresponden al énfasis por el que pueden optar los maestros en formación, donde encontrarán el acompañamiento importante por parte del profesor especializado. Estas líneas están encaminadas a aportar a la elaboración del trabajo de grado y se constituyen por excelencia en ambiente de formación en investigación, cuyo propósito es el de consolidar el deseo por conocer, indagar, identificar y definir una problemática del contexto educativo en el que se ejerce la labor docente. Esto con el fin de llegar a conceptualizar en los distintos campos del conocimiento, para que, como producto final, se posibilite el empoderamiento del estudiante en el desarrollo de capacidades reflexivas, analíticas y propositivas, para enfrentar esas situaciones problema a partir del planteamiento de propuestas y soluciones desde la modalidad de trabajo de grado escogida, que resulte significativa y pertinente para el contexto educativo.

Las líneas de investigación que actualmente ofrece el programa, y las preguntas que las orientan son: 

Línea de profundización	Problemas
Profundización en educación rural	¿Cómo el maestro potencia los procesos formativos de niños y niñas de la básica primaria, desde las particularidades de los contextos rurales?
Profundización en educación especial y talentos excepcionales	¿Cómo concibe el maestro los procesos de inclusión y de desarrollo de talentos excepcionales y de qué manera propone procesos pedagógicos incluyentes?
Profundización en educación para la construcción de paz y resolución de conflictos	¿De qué manera el maestro de básica primaria aporta en la construcción de una cultura para la tramitación pacífica de los conflictos y la construcción de paz desde los procesos educativos y formativos en la escuela?
Educación para las ciencias, las tecnologías y el ambiente	¿Cómo el maestro de básica primaria aporta a la comprensión del lugar de las ciencias y las tecnologías en un contexto de crisis ambiental?
Profundización en educación artística	¿De qué manera el saber de las artes, ayuda, en la educación básica primaria, a ampliar la comprensión del mundo y de lo humano? ¿Cómo el maestro de educación básica primaria puede considerar las artes como un lugar de investigación pedagógica?